Después de Amagami SS, el estudiante de secundaria Junichi Tachibana continúa su relación con las chicas de su escuela. Amagami SS+ Plus ofrece un vistazo de lo que sucedió después de la resolución de la historia individual de cada niña. Comienzan a ocurrir nuevos eventos entre cada una de las chicas y Junichi. Tsukasa Ayatsuji, el representante de la clase, se postula para presidente del consejo estudiantil; Rihoko Sakurai, que se ha hecho cargo del Tea Club con Junichi, todavía quiere confesarle sus sentimientos; Ai Nanasaki cuestiona el futuro de su relación con Junichi cuando él se va a la universidad; Kaoru Tanamachi se pregunta si su relación con Junichi llegará más lejos; Sae Nakata y Junichi lidian con compañeros de clase que aún no pueden creer que alguien tan lindo sea su novia; y Haruka Morishima quieren llevar su relación al siguiente nivel y casarse.
