Hace cincuenta años, misteriosas criaturas conocidas como "Enormes" aparecieron repentinamente en todo el mundo, representando una amenaza existencial para la humanidad. Para defenderse de estas amenazas, los soldados en forma de adolescentes conocidas como "Lilies" usan la energía "Magie" dentro de sus cuerpos para impulsar armas llamadas "Counter Huge ARMS" o "CHARMS".
Después de ser salvada por una Lily hace dos años mientras evacuaba de un enorme ataque, Riri Hitotsuyanagi prometió convertirse ella misma en una Lily. Se inscribe en la prestigiosa academia de Yurigaoka, un campo de entrenamiento para Lilies, y descubre que uno de sus compañeros de clase es Yuyu Shirai, la misma Lily que la rescató. Sin embargo, para su gran confusión, la persona que pensaba que era alegre resulta ser bastante antisocial y prefiere luchar sola. Aun así, Riri todavía desea llevarse bien con Yuyu y está dispuesta a hacer todo lo posible para alcanzar ese objetivo.
