Perder a un ser querido es tan doloroso que a veces uno puede desear poder resucitarlo, una debilidad que explota el enigmático Millennium Earl. Para hacer que sus armas mecánicas se conozcan como "Akuma", usa las almas de los muertos que son llamados de regreso. Una vez que un alma se coloca en un Akuma, queda atrapada para siempre, y la única forma de salvarlos es exorcizarlos de su recipiente usando el arma Anti-Akuma, "Inocencia".
Después de pasar tres años como discípulo del General Cross, Allen Walker es enviado a la Orden Negra, una organización compuesta por aquellos que están dispuestos a luchar contra Akuma y el Conde del Milenio, para convertirse en un exorcista oficial. Con un brazo como su Inocencia y un ojo maldito que puede ver las almas sufridas dentro de un Akuma, depende de Allen y sus compañeros Exorcistas detener la trama final del Conde del Milenio: una que puede llevar a la destrucción del mundo.
