Academia Kibougamine es una escuela secundaria de élite que acepta solo a los estudiantes más talentosos. Las personas que se inscriben con éxito reciben sus propios títulos únicos, que reflejan adecuadamente sus habilidades y características. De los quince candidatos admitidos en la escuela peculiar de ese año, Makoto Naegi es un individuo completamente normal que ha sido aceptado por pura casualidad, con el título de "Super High School-Level Luck". Naegi y sus compañeros de clase están encantados de ser elegidos para estudiar en esta prestigiosa institución, pero estos sentimientos de felicidad duran poco. Pronto se enfrentan con Monokuma, el director y el oso residente, que los atrapa dentro de la escuela. Las esperanzas de escape y graduación de los alumnos dependen de que uno de ellos asesine exitosamente a uno de sus compañeros sin ser descubierto. Sin embargo, si el asesino es atrapado, él o ella serán ejecutados, y los sobrevivientes restantes se quedarán para continuar el combate a muerte hasta que solo quede un único vencedor.
