Lucy es una raza especial de humanos conocida como "Diclonius", nacida con un par de cuernos cortos y manos telequinéticas invisibles que la convierten en víctima de experimentos científicos inhumanos por parte del gobierno. Sin embargo, una vez que las circunstancias le presentan la oportunidad de escapar, Lucy, corrompida por el confinamiento y la tortura, desata un torrente de sangre mientras escapa de sus captores.
Durante su fuga, recibe una lesión en la cabeza paralizante que la deja con una personalidad dividida: alguien con la mentalidad de un niño inofensivo que posee una capacidad de habla limitada. En este estado de inestabilidad, se topa con dos estudiantes universitarios, Kouta y su prima Yuka, quienes sin saberlo toman a un fugitivo herido bajo su cuidado, sin darse cuenta de sus tendencias asesinas. Este acto de bondad cambiará sus vidas, ya que pronto se verán arrastrados al sombrío mundo del secreto gubernamental y la conspiración.
