Después de que un misterioso infierno mata a su familia, Shirou es salvado y adoptado por Kiritsugu Emiya, quien le enseña los caminos de la magia y la justicia.
Una noche, años después de la muerte de Kiritsugu, Shirou está limpiando en la escuela, cuando se encuentra atrapado en medio de un encuentro mortal entre dos superhumanos conocidos como Sirvientes. Durante su intento de escapar, el niño es capturado por uno de los Sirvientes y recibe una herida que amenaza su vida. Milagrosamente, sobrevive, pero el mismo Sirviente regresa para terminar lo que comenzó. Desesperado, Shirou convoca a un sirviente suyo, un caballero llamado Saber. Los dos ahora deben participar en la Quinta Guerra del Santo Grial, una batalla real de siete Sirvientes y los magos que los convocaron, y el gran premio no es otro que el omnipotente Santo Grial.
Fate / stay night sigue a Shirou mientras lucha por encontrar la delgada línea entre un héroe y un asesino, sus ideales chocan con la dura realidad que lo rodea. ¿Se convertirá el niño en un héroe como su padre adoptivo o morirá en el intento?
