Después del asesinato de su padre, Ryuuko Matoi ha estado vagando por la tierra en busca de su asesino. Siguiendo su única pista, la mitad faltante de su invento, la Scissor Blade, llega a la prestigiosa Academia Honnouji, una escuela secundaria como ninguna otra. La academia está gobernada por la imponente y despiadada presidenta del consejo estudiantil Satsuki Kiryuuin junto con sus poderosos subordinados, el Elite Four. En la jerarquía brutalmente competitiva de la escuela, Satsuki otorga a los que están en la cima ropa especial llamada "Uniformes de Goku", que otorgan al usuario habilidades sobrehumanas únicas. Completamente golpeada en una pelea contra uno de los estudiantes uniformados, Ryuuko se retira a su hogar arrasado donde se topa con Senketsu, un "Kamui" raro y sensible, o Ropa de Dios. Después de entrar en contacto con la sangre de Ryuuko, Senketsu se despierta, se aferra a ella y le proporciona un poder inmenso. Ahora, armada con Senketsu y Scissor Blade, Ryuuko se opone a los Elite Four, con la esperanza de llegar a Satsuki y descubrir al culpable del asesinato de su padre de una vez por todas.
