Katsuhira Agata es un adolescente tranquilo y reservado cuya sensación de dolor prácticamente ha desaparecido. Su amigo, Chidori Takashiro, sólo puede recordar vagamente los días previos a que Katsuhira sufriera este profundo cambio. Ahora, su comportamiento apagado y complaciente convierte a Katsuhira en un objetivo constante para los matones, que lo explotan por sumas atroces de dinero. Pero sus puños apenas logran hacerlo parpadear, ya que incluso las emociones están lejos de su alcance. Sin embargo, un día Katsuhira, Chidori y otros cuatro adolescentes son secuestrados y obligados a unirse al Sistema Kizuna como "Kiznaivers" oficiales. Los participantes están conectados a través del dolor: si un miembro resulta herido, los demás sentirán la misma agonía. Estos individuos deben convertirse en ratas de laboratorio y chivos expiatorios de un sistema incompleto diseñado teniendo en mente la paz mundial. Con sus destinos literalmente entrelazados, los Kiznaivers deben exponer su verdadero yo el uno al otro, o corren el riesgo de fallar en mucho más que solo el Sistema Kizuna.
