En un mundo cubierto por un interminable mar de arena, navega una isla conocida como la Ballena de Barro. En su interior se encuentra un antiguo pueblo, donde se dice que la mayoría de sus habitantes están "Marcados", un rasgo de doble filo que les otorga habilidades sobrenaturales a costa de una muerte prematura. Chakuro es el archivero del pueblo; joven y curioso, pasa su tiempo documentando el descubrimiento de islas recién descubiertas. Pero cada uno es como el resto: abandonado excepto por los restos de aquellos que vivieron allí hace mucho tiempo. Por primera vez en seis meses, otra isla cruza el horizonte, por lo que Chakuro y sus amigos se unen al grupo de exploración. Durante la expedición, encuentran vestigios de una civilización arcaica. Y dentro de uno de sus restos que se desmoronan, Chakuro descubre a una chica que cambiará su destino y el mundo dentro de la ballena de barro tal como él lo conoce.
