Durante los albores del siglo XXI, el Instituto de Investigación Kurobe de las Naciones Unidas se estableció en Japón para investigar un artefacto antiguo, que se descubrió durante la construcción de la presa Kurobe. Científicos de todo el mundo se han reunido en las instalaciones para estudiar el objeto, mientras sus hijos disfrutan de su vida cotidiana asistiendo a Mt. Tate International Senior High School. Yukina Shirahane, una chica reservada de secundaria, es la hija del científico jefe de la instalación. Mientras visita a su madre en las instalaciones, Yukina logra resolver parte del rompecabezas del artefacto. Para su sorpresa, lo que aparece ante ella es Kennosuke Tokisada Ouma, un joven samurái de la era Sengoku. A medida que se acerca una amenaza desde el espacio exterior, Yukina, junto con Kennosuke, se encuentra defendiendo la Tierra contra las fuerzas invasoras. En el camino, descubre el misterio detrás de Kennosuke y la razón por la que está decidido a protegerla.
