Después de los eventos del caso de Lost Logia, Nanoha espera pacientemente el día en que pueda reunirse con su nueva amiga, Fate. A pesar de ser una maga excepcionalmente poderosa, Nanoha pasa sus días normalmente con sus amigos en la Tierra. Pero la paz se rompe de nuevo repentinamente, ya que Nanoha está sin advertencia atacada por un mago poderoso. Un grupo de magos violentos ha estado atacando cualquier cosa con poder mágico para sus propios objetivos. Nanoha y Fate, junto con sus amigos Yuuno, Arf, Chrono y la Oficina de Administración del Espacio / Tiempo deben unirse una vez más para evitar que estos magos renegados lastimen a alguien o cualquier otra cosa. Tiene lugar después de la primera temporada de Lyrical Nanoha.
