Kazamatsuri, una ciudad moderna y bien desarrollada, famosa por su floreciente vegetación y su rica cultura japonesa, es el hogar de Kotarou Tennouji, un estudiante de secundaria poco conocedor de los valores compartidos del lugar. Contento con llenarse los bolsillos de frivolidades, este chico orgulloso y entrometido pasa el tiempo molestando al autoproclamado delincuente Haruhiko y dejándose llevar por sus sentimientos amorosos hacia la extraña Kotori.
Dotado de la capacidad sobrehumana de reescribir permanentemente cualquier parte de su cuerpo para multiplicar su fuerza o velocidad, Kotarou se siente naturalmente atraído por lo sobrenatural. Un encuentro especial con la única miembro y presidenta del Club de Investigación Oculta, la "bruja" Akane Senri, lleva a Kotarou a revivir el Club Oculto reclutando a Kotori y a otros tres miembros: la torpe estudiante transferida Chihaya, la estricta delegada de clase Lucia, y el modesto Shizuru. A medida que Kotarou desvela los secretos ocultos de cada miembro del Club de Ocultismo a través de sus aventuras compartidas, se encontrará inevitablemente con un destino que sólo él podrá reescribir.
