La historia de School Days gira en torno a Makoto Itou, un estudiante de secundaria que se ha enamorado de una chica que vio en el tren, su nombre es Kotonoha Katsura. Makoto se sienta en clase al lado de Sekai Saionji, quien se da cuenta de su amor por Kotonoha y decide ayudarle a conquistarla. Sekai consigue unirlos, pero se da cuenta de que a ella también le gustaba Makoto y en la parada del tren, antes de marcharse le besa. La historia trata sobre éste triángulo amoroso y demás historias de los compañeros de clase.
