El luchador pero brillante adolescente Minato Sahashi ha reprobado sus exámenes de ingreso a la universidad por segunda vez, lo que ha hecho que quienes lo rodean lo consideren inútil. Sin embargo, el curso de su futuro aparentemente sombrío se altera dramáticamente cuando una mujer hermosa y sobrenatural cae del cielo y entra en su vida. Esa mujer, Musubi, es un ser único conocido como "Sekirei", un extraterrestre humanoide con habilidades extraordinarias. Estos extraterrestres son conocidos por besar a los humanos que portan el gen Ashikabi para despertar poderes latentes adicionales en lo más profundo. Reconociendo el potencial dentro del joven aparentemente insignificante, Musubi besa al desconcertado Minato, iniciando un vínculo entre los dos. Esto lo arrastra al mundo de alto riesgo de Sekirei, donde él y su nuevo compañero deben competir contra otros en una batalla por la supervivencia llamada "Plan Sekirei". Sin embargo, sin que los concursantes lo sepan, hay mucho más riesgo de lo que implicaba inicialmente la competencia.
