La Guerra del Santo Grial es una batalla real entre siete magos que sirven como Maestros. Los Maestros, mediante el uso de los sellos de mando que reciben al entrar en la guerra, ordenan a Espíritus Heroicos conocidos como Sirvientes que luchen por ellos en la batalla. En la Quinta Guerra del Santo Grial, Rin Toosaka se encuentra entre los magos que participan en la competición. Con su sirviente, Archer, espera obtener el premio final: el Santo Grial, un artefacto mágico capaz de conceder a su portador cualquier deseo.
Uno de los compañeros de Rin, Shirou Emiya, participa accidentalmente en la competición y acaba comandando a su propio sirviente, Saber. Enfrentados a enemigos comunes, Rin y Shirou deciden formar una alianza temporal para desafiar a sus oponentes en la Guerra del Santo Grial.
