En medio de la Quinta Guerra del Santo Grial, Caster pone en marcha sus planes, empezando por capturar a Saber, la sirvienta de Shirou. Con la bruja cada vez más poderosa, Rin y Archer determinan que es una amenaza a la que hay que enfrentarse de inmediato. Pero a medida que el equilibrio de poder en la guerra comienza a cambiar, el Maestro y su Sirviente se encuentran recorriendo caminos separados.
Mientras tanto, a pesar de perder a su Sirviente y de las heridas, Shirou ignora la advertencia de Rin de abandonar la batalla real y se abre paso en la lucha contra Caster. Decidido a demostrar su determinación en su voluntad de luchar, el potencial de Shirou para convertirse en protector del pueblo se pone a prueba.
En medio del derramamiento de sangre y el caos, las motivaciones de cada Maestro y Sirviente se revelan poco a poco mientras lo sacrifican todo para alzarse como vencedores y reclamar el Santo Grial.
