La segunda etapa de la batalla real conocida como el Plan Sekirei está en marcha. Shintou Teito ha sido cerrado; ningún Sekirei o Ashikabi puede irse. Minato Sahashi y su harén de Sekirei ahora deben prepararse para pelear nuevas batallas a medida que se implementan cambios en las reglas. Sin embargo, no todos los grupos volverán a la batalla: algunos Sekirei son muy queridos por sus compañeros Ashikabi, quienes preferirían perder el premio antes que verlos perecer. En medio de la acción, alguien cercano a Minato puede estar más involucrado de lo que jamás había imaginado, y las amenazas acechan en cada esquina. Incluso hay rumores de que los "Números Únicos", el tipo más poderoso de Sekirei, han entrado en la refriega. A los ojos del "Maestro del juego" Minaka Hiroto, todo marcha según lo planeado.
