Unos años después de las aventuras de los Niños Elegidos en el Mundo Digital, se convoca a un nuevo grupo de Niños Elegidos para salvar el Mundo Digital. Un gobernante malvado conocido como Digimon Kaiser, o Digimon Emperor, está forzando a los Digimon del mundo digital a la esclavitud. El nuevo grupo de Niños Elegidos, con la ayuda de sus Digimon, comienza un viaje para detener al malvado Emperador Digimon.
