Un par de investigadores se quedan atrás en su planeta moribundo de Eltria con sus dos hijas, Amitie y Kirie, con la esperanza de encontrar una manera de revivir el planeta. Pero cuando el esposo Granz cae enfermo, parece que su sueño de revivir el planeta morirá. Contra los deseos de su hermana mayor, Kirie parte con su amiga de la infancia, Iris, para buscar ayuda en un mundo alternativo distante. Llegan a Japón en la Tierra para buscar la clave para la regeneración de su planeta. Allí se encuentran con Nanoha, Fate y Hayate.
