La Ciudad Academia, en Japón, está a la vanguardia de la ciencia. Además de ir 30 años por delante del mundo tecnológicamente, más de tres cuartas partes de la población de esta peculiar ciudad está formada por estudiantes que desarrollan sus habilidades psíquicas como espers en diversas instituciones. Entre estos estudiantes se encuentra Touma Kamijou, un chico de instituto con el rango psíquico más bajo, cero, pero con un misterioso poder que ningún científico puede comprender: "Imagine Breaker", que le permite anular otras habilidades sobrenaturales.
Sin embargo, esto no afecta a la vida de Kamijou en lo más mínimo, ya que desempeña su papel como un adolescente normal; es decir, hasta que conoce a la extraña Index Librorum Prohibitorum, una joven que ha memorizado la totalidad de los grimorios prohibidos, y ahora una peligrosa organización está dando caza a Index. Con varios magos intentando dañar a la chica, Kamijou defenderá a su nueva compañera a toda costa mientras descubre un nuevo y extraño reino de lo sobrenatural.
