En la historia de la película, justo antes de la finalización del ascensor espacial de Academy City "Endymion", los personajes principales, Kamijou e Index, se encuentran con una chica de nivel 0 llamada Arisa. Los magos están detrás de Arisa, y atacan Ciudad Academia. Una líder femenina llamada Shattoaura dirige una unidad de Ciudad Academia contra el ataque. Kamijou e Index aprenden de Stiyl que Arisa es clave para una guerra en ciernes entre los lados de la magia y la ciencia.
